Le Fonds de dotation de Marseille est dirigé par un Comité exécutif présidé par Marie-Laure Guidi. Ce Comité est composé de plusieurs collèges complémentaires (fondateurs, donateurs, personnalités qualifiées) afin de garantir une gestion indépendante et des échanges constructifs au service du territoire.

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Une équipe opérationnelle fait vivre le Fonds de dotation au jour le jour : Alexis Gibellini assure la fonction de Délégué général.